Skala przedsięwzięć realizowanych w ramach funduszu ISPA musi być wystarczająco duża, by realizacja projektu wywarła znaczący wpływ w obszarze ochrony środowiska i transportu. Mając to na uwadze przyjęto, że zasadniczo całościowy koszt przedsięwzięcia nie może być niższy niż 5 mln euro. Od tego warunku odstąpić można w wyjątkowych i należycie uzasadnionych przypadkach.

Lista potencjalnych projektów przewidzianych do współfinansowania przez ISPA w sektorze transportu w latach 2000-2006 jest zawarta w Narodowej Strategii dla Sektora Transportu. Priorytetowe obszary wsparcia z ochrony środowiska określone są natomiast w Strategii Wykorzystania ISPA jako Instrumentu Realizacji Polityki Ekologicznej Państwa.

Rok 2003 był ostatnim rokiem zgłaszania projektów do funduszu ISPA tzw. programowania. Obecnie projekty mogą być przygotowywane do współfinansowania w ramach Funduszu Spójności, który wejdzie w życie z dniem 1 maja 2004 r.