KOORDYNACJA I MONITOROWANIE
Za koordynację i monitorowanie wdrażania ISPA odpowiada Narodowy Koordynator ISPA. Od dnia 1 sierpnia 2003 r. funkcję Narodowego Koordynatora ISPA pełni Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Gospodarki, Pracy i Polityki Społecznej.

Obsługę Narodowego Koordynatora ISPA zapewnia Departament Koordynacji Funduszu Spójności w Ministerstwie Gospodarki, Pracy i Polityki Społecznej. Sekretariat Komitetu Monitorującego ISPA znajduje się w ww. Departamencie.

ZARZĄDZANIE FINANSOWE
Odpowiedzialność za zarządzanie przepływami środków finansowych z Unii Europejskiej należy do Podsekretarza Stanu w Ministerstwie Finansów, który pełni funkcję Krajowego Urzędnika Zatwierdzającego (KUZ). KUZ zapewnia również płynność i właściwy przepływ środków finansowych do beneficjenta końcowego, a także koordynację procesu tworzenia systemu zarządzania i kontroli finansowej środków finansowych pochodzących z Unii Europejskiej i środków budżetowych przeznaczonych na współfinansowanie projektów ISPA.

Obsługę KUZ zapewnia Departament Obsługi Funduszy Pomocowych Ministerstwa Finansów, pełniący jednocześnie rolę Narodowego Funduszu. Departament Obsługi Funduszy Pomocowych realizując swoje zadania współpracuje z odpowiednimi Departamentami Ministerstwa Finansów, Narodowego Koordynatora ISPA, Sektorowych Pełnomocników ds. Realizacji Projektów ISPA (Ministerstwo Środowiska i Ministerstwo Infrastruktury) oraz Jednostkami Wdrażającymi.

WDRAŻANIE

Sektorowy Pełnomocnik ds. Realizacji Projektów ISPA
Wysocy rangą urzędnicy z Ministerstwa Środowiska oraz z Ministerstwa Infrastruktury zostają powołani jako Sektorowi Pełnomocnicy ds. Realizacji Projektów ISPA odpowiednio dla sektora środowiska i transportu. Sektorowy Pełnomocnik ds. Realizacji Projektów ISPA powoływany jest przez Narodowego Koordynatora ISPA na wniosek właściwego ministra po konsultacji z Krajowym Urzędnikiem Zatwierdzającym. Sektorowy Pełnomocnik ds. Realizacji Projektów ISPA ponosi odpowiedzialność za wdrażanie funduszu ISPA w podległym sektorze.

Nadzór Sektorowego Pełnomocnika ds. Realizacji Projektów ISPA
Nadzór Sektorowego Pełnomocnika ds. Realizacji Projektów ISPA nad realizacją projektów jest sprawowany odpowiednio przez Departament Finansowania Infrastruktury Ministerstwa Infrastruktury w sektorze transportu oraz przez Departament Integracji Europejskiej Ministerstwa Środowiska w sektorze środowiska.

Jednostka wdrażająca
Sektor środowiska
Jednostką wdrażającą jest Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej (NFOŚIGW), który odpowiada za nadzór nad realizacją projektów, przeprowadzanie przetargów, przygotowanie projektów umów na dostawy, usługi i roboty, przekazywanie wspólnie z SAO środków ISPA na rachunek bankowy projektu, sprawozdawczość i kontrolę ponoszonych wydatków. NFOŚiGW przeprowadza ocenę wstępną przygotowania beneficjenta końcowego do realizacji projektu. Następnie sprawuje kontrolę nad realizacją projektu na podstawie dokumentów przekazanych przez beneficjenta końcowego.

Sektor transportu
Jednostkami wdrażającymi są Generalna Dyrekcja Dróg Krajowych i Autostrad (GDDKiA) i PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. (PKP PLK S.A.) Jednostki te są odpowiedzialne za przygotowanie projektów, zawieranie kontraktów z wykonawcami i ponoszenie wydatków kwalifikowanych na rzecz wykonawcy.

Beneficjent końcowy
Sektor środowiska
Beneficjentami końcowymi są jednostki samorządu terytorialnego (JST). W przypadku projektów dotyczących więcej niż jednej JST są to związki, np. związki gmin. W szczególnych przypadkach (jeżeli memorandum finansowe tak stanowi) beneficjentem może być inny podmiot niż jednostka samorządu terytorialnego. Beneficjent końcowy jest odpowiedzialny za zawarcie kontraktów z wykonawcami oraz ponoszenie wydatków kwalifikowanych na rzecz wykonawcy.

Sektor transportu
Beneficjentami końcowymi dla wszystkich projektów w sektorze transportu są jednostki wdrażające, czyli GDDKiA dla projektów drogowych i PKP PLK S.A. dla projektów kolejowych.