Najwięcej inwestycji z zakresu ochrony środowiska będzie dotowanych z największego ze wszystkich programów operacyjnych – PO Infrastruktura i Środowisko (PO IŚ). Wydatki na ochronę środowiska stanowią 18 proc. środków zarezerwowanych na działania w ramach tego programu – w sumie ok. 4,7 mld euro.

Na realizację Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko na lata 2007-2013 zostanie przeznaczonych ponad 36 mld euro. Ze środków Unii Europejskiej będzie pochodziło 27,9 mld euro (w tym ze środków Funduszu Spójności – 21,6 mld euro (77 proc.) oraz Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego – 6,3 mld euro (23 proc.).

Program Infrastruktura i Środowisko składa się z 15 priorytetów. Dzięki priorytetom I-V w Polsce m.in. poprawi się jakość wody, sposób gospodarowania odpadami oraz zabezpieczenie przeciwpowodziowe, a obszarom zdegradowanym przywrócona zostanie wartość. Wsparcie dostaną również organizacje działające na rzecz ochrony przyrody.

Priorytet I – Gospodarka wodno-ściekowa:

• Działanie 1.1
  Gospodarka wodno-ściekowa w aglomeracjach powyżej 15 tys. RLM

Priorytet II – Gospodarka odpadami i ochrona powierzchni ziemi:

• Działanie 2.1
  Kompleksowe przedsięwzięcia z zakresu gospodarki odpadami komunalnymi ze szczególnym uwzględnieniem odpadów niebezpiecznych
  
  
• Działanie 2.2
  Przywrócenie terenom zdegradowanym wartości przyrodniczych i ochrona brzegów morskich

Priorytet III – Zarządzanie zasobami i przeciwdziałanie zagrożeniom środowiska:

• Działanie 3.1
  Retencjonowanie wody i zapewnienie bezpieczeństwa przeciwpowodziowego
  
  
• Działanie 3.2
  Zapobieganie i ograniczanie skutków zagrożeń naturalnych oraz przeciwdziałanie poważnym awariom
  
  
• Działanie 3.3
  Monitoring środowiska

Priorytet IV – Przedsięwzięcia dostosowujące przedsiębiorstwa do wymogów ochrony środowiska:

• Działanie 4.1
  Wsparcie systemów zarządzania środowiskiem
  
  
• Działanie 4.2
  Racjonalizacja gospodarki zasobami i odpadami w przedsiębiorstwach
  
  
• Działanie 4.3
  Wsparcie dla przedsiębiorstw w zakresie wdrażania najlepszych dostępnych technik (BAT)
  
  
• Działanie 4.4
  Wsparcie dla przedsiębiorstw w zakresie gospodarki wodno-ściekowej
  
  
• Działanie 4.5
  Wsparcie dla przedsiębiorstw w zakresie ochrony powietrza
  
  
• Działanie 4.6
  Wsparcie dla przedsiębiorstw prowadzących działalności w zakresie odzysku i unieszkodliwiania odpadów innych niż komunalne 

• Działanie 5.1
  Wspieranie kompleksowych projektów z zakresu ochrony siedlisk przyrodniczych (ekosystemów) na obszarach chronionych oraz zachowanie różnorodności gatunkowej 
  
  
• Działanie 5.2
  Zwiększenie drożności korytarzy ekologicznych 
  
  
• Działanie 5.3
  Opracowanie planów ochrony 
  
  
• Działanie 5.4
  Kształtowanie postawa społecznych sprzyjających ochronie środowiska, w tym różnorodności biologicznej