Instytucją Zarządzającą dla Programu jest Minister Rozwoju Regionalnego, który odpowiada za skuteczność, efektywność i prawidłowość zarządzania oraz wdrażania Programu. Obowiązki Instytucji Zarządzającej Programem pełni jednostka organizacyjna w ramach Ministerstwa Rozwoju Regionalnego. Obecnie funkcję tą pełni Departament Koordynacji Programów Regionalnych.

Instytucja Zarządzająca powierza realizację części zadań Instytucji Pośredniczącej. Dla Programu Instytucją Pośredniczącą jest Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości (PARP), która odpowiada za: monitorowanie przygotowania projektów indywidualnych (od pre – umowy do umowy o dofinansowanie), przeprowadzenie naboru wniosków o dofinansowanie, podpisanie umów o dofinansowanie, weryfikację wniosków o płatność; kontrolę realizacji projektów; działania informacyjne i promocyjne oraz monitorowanie i ewaluację realizacji osi priorytetowych.

Obowiązki Instytucji Pośredniczącej w ramach PARP pełnią:

• Zespół Infrastruktury Nowoczesnej Gospodarki (Osie priorytetowe: I, II)
• Zespół Projektów Infrastrukturalnych (Osie priorytetowe: III, IV i V)