System organizacyjny (tzw. system wdrażania) środków Unii Europejskiej przyznanych Polsce na lata 2007-2013 charakteryzuje się trzema poziomami:

• Pierwszy poziom – koordynacja
• Drugi poziom – zarządzanie
• Trzeci poziom – wdrażanie

PIERWSZY POZIOM - KOORDYNACJA

Koordynacja na poziomie Narodowej Strategii Spójności
Koordynację w zakresie zarządzania Narodową Strategią Spójności (NSS) i realizacji wszystkich programów polityki spójności sprawuje minister właściwy do spraw rozwoju regionalnego. Dla sprawnego wykonywania swoich funkcji koordynacyjnych odpowiada on za przygotowanie, organizację oraz nadzór nad prawidłowym funkcjonowaniem systemu realizacji NSS oraz prowadzi nadzór nad realizacją programów operacyjnych, w tym w zakresie zarządzania, monitorowania, kontroli i audytu, zgodnie z wymogami określonymi w Rozporządzeniach Rady.

W odniesieniu do programów regionalnych (tzw. regionalnych programów operacyjnych - RPO) rolę koordynującą pełni minister właściwy do spraw rozwoju regionalnego, odpowiedzialny za weryfikację projektów programów operacyjnych pod względem ich zgodności z NSS, negocjowanie ich zapisów z Komisją Europejską we współpracy z instytucjami zarządzającymi RPO, kontrolę stosowania wytycznych MRR oraz monitorowanie efektów wdrażania RPO w regionach.

Dla zapewnienia skutecznej bieżącej koordynacji realizacji NSS zostanie powołany przez Prezesa Rady Ministrów zespół pod przewodnictwem ministra właściwego do spraw rozwoju regionalnego, którego zadaniem będzie bieżący monitoring stanu realizacji programów operacyjnych i podejmowanie wynikających z niego decyzji, w szczególności dotyczących przygotowania ewentualnych zmian prawnych, instytucjonalnych i proceduralnych.

Dla prawidłowej realizacji funkcji koordynacji polityk horyzontalnych, jak i strategicznego monitorowania i oceny realizacji NSS zostanie utworzony Komitet Koordynacyjny (KK) pod przewodnictwem ministra właściwego do spraw rozwoju regionalnego, który będzie monitorował realizację polityk należących do polityki rozwoju, w szczególności polityki konkurencyjności, spójności, Wspólnej Polityki Rolnej i Wspólnej Polityki Rybackiej. KK będzie formułował opinie i rekomendacje na temat przebiegu wdrażania polityk horyzontalnych w celu zapewnienia spójnej realizacji polityki rozwoju.

Koordynacja realizacji programów operacyjnych na poziomie regionalnym
Koordynację pomiędzy celami strategii rozwoju danego województwa, celami i mechanizmami realizacji na poziomie regionalnym różnych programów operacyjnych polityki spójności, Wspólnej Polityki Rolnej i Wspólnej Polityki Rybackiej, sprawuje Zarząd Województwa, wykorzystując w tym celu Komitet Monitorujący Regionalny Program Operacyjny (KM RPO).

DRUGI POZIOM – ZARZĄDZANIE

Instytucje Zarządzające (IZ)
Instytucja Zarządzająca jest odpowiedzialna za przygotowanie i realizację programów operacyjnych (w tym regionalnych programów operacyjnych). IZ dla programów zarządzanych centralnie jest minister właściwy do spraw rozwoju regionalnego, natomiast IZ dla regionalnych programów operacyjnych jest Zarząd danego województwa. 

Do funkcji IZ należą:

• zapewnienie zgodności wyboru operacji do finansowania z kryteriami wyboru projektów dla programu, 
  
  
• zapewnienie prowadzenia kontroli programu operacyjnego, w tym w szczególności przygotowanie planu kontroli systemowych oraz zatwierdzenie planów kontroli innych instytucji, 
  
  
• dokonywanie oceny postępów realizacji programu na podstawie sprawozdania rocznego,
  
  
• przygotowywanie, we współpracy z Instytucjami Pośredniczącymi, raportów o nieprawidłowościach oraz przekazywanie ich do odpowiednich instytucji.

TRZECI POZIOM – WDRAŻANIE

Instytucje Pośredniczące (IP)
Instytucja Zarządzająca programem może delegować wykonywanie części swoich zadań do Instytucji Pośredniczących. Dotyczy to zadań odnoszących się do poszczególnych osi priorytetowych (lub grup osi priorytetowych). Dokonując takiej delegacji, Instytucja Zarządzająca zachowuje jednak całkowitą odpowiedzialność za całość realizacji programu. Delegacja odbywa się na drodze odpowiedniego porozumienia, określającego szczegółowo zakres zadań Instytucji Pośredniczącej oraz wynikające z niego prawa i obowiązki obu stron porozumienia.

Dla programów realizowanych na poziomie centralnym rolę IP będzie pełnić wyłącznie jednostka sektora finansów publicznych. IP może delegować część zadań związanych z wdrażaniem operacji/grup operacji do innych instytucji. Proces powoływania instytucji wdrażających nie został jeszcze zakończony w żadnym z programów operacyjnych. System wdrażania NSS zakłada możliwość zlecania zadań innym instytucjom, jednak powinno się to odbywać zgodnie z procedurami określonymi w Prawie Zamówień Publicznych. Dlatego też na chwilę obecną nie ma możliwości wskazania żadnej instytucji, która będzie wykonywała zadania zlecone przez Instytucję Zarządzającą lub Instytucję Pośredniczącą.

Zobacz listę instytucji zarządzających i pośredniczących 

Instytucja Certyfikująca (IC)
W celu zapewnienia maksymalnej sprawności systemu realizacji NSS certyfikacja płatności wobec KE dokonywana będzie przez działające w strukturze ministerstwa właściwego do spraw rozwoju regionalnego Instytucje Certyfikujące (IC), funkcjonalnie niezależne od IZ.

W przypadku regionalnych programów operacyjnych Instytucja Certyfikująca deleguje na podstawie zawartego porozumienia część funkcji związanych z certyfikacją do Urzędów Wojewódzkich.

Instytucja certyfikująca odpowiada w szczególności za:

• opracowanie i przedłożenie Komisji poświadczonych deklaracji wydatków i wniosków o płatność;
  
  
• poświadczenie (na podstawie informacji od instytucji zarządzających oraz przeprowadzonych audytów), że:
  
  
  • deklaracja wydatków jest dokładna, wynika wiarygodnych systemów księgowych i jest  oparta na weryfikowalnej dokumentacji;
    
    
  • zadeklarowane wydatki są zgodne z zasadami wspólnotowymi i krajowymi oraz zostały poniesione w związku z operacjami wybranymi do finansowania zgodnie z kryteriami mającymi zastosowanie do programu i spełniają zasady wspólnotowe i krajowe;
    
    
• utrzymywanie w formie elektronicznej zapisów księgowych dotyczących wydatków zadeklarowanych Komisji;
  
  
• prowadzenie ewidencji kwot podlegających procedurze odzyskiwania i kwot wycofanych po anulowaniu całości lub części wkładu dla operacji.

Instytucja Audytowa
Dla wszystkich programów operacyjnych funkcje Instytucji Audytowej pełni Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej.

Instytucja audytowa programu operacyjnego odpowiada w szczególności za:

• zapewnienie prowadzenia audytów w celu weryfikacji skutecznego funkcjonowania systemu zarządzania i kontroli programu operacyjnego oraz audytów operacji na podstawie stosownej próby w celu weryfikacji zadeklarowanych wydatków;
  
  
• przedstawianie Komisji, w terminie dziewięciu miesięcy od zatwierdzenia programu operacyjnego, strategii audytu i ich metodologię;
  
  
• do dnia 31 grudnia każdego roku w latach 2008–2015:
  
  
  • przedłożenie Komisji rocznego sprawozdania audytowego, informującego o wszelkich brakach wykrytych w systemach zarządzania i kontroli programu;
    
    
  • wydawanie opinii, na podstawie kontroli i audytów przeprowadzonych na jej odpowiedzialność, w kwestii tego, czy system zarządzania i kontroli funkcjonuje skutecznie, tak aby dawać racjonalne zapewnienie, że deklaracje wydatków przedstawione Komisji i transakcje będące ich podstawą są zgodne z prawem i prawidłowe;
    
    
  • przedkładanie deklaracji częściowego zamknięcia zawierającej ocenę zgodności z prawem i prawidłowości danych wydatków;
    
    
• przedłożenie Komisji, nie później niż dnia 31 marca 2017 r., deklaracji zamknięcia, zawierającej ocenę zasadności wniosku o wypłatę salda końcowego oraz zgodności z prawem i prawidłowości transakcji będących podstawą wydatków objętych końcową deklaracją wydatków, do której dołącza się końcowe sprawozdanie audytowe.

Z przeprowadzonych czynności audytowych Instytucja Audytowa opracowuje sprawozdania wraz z ewentualnymi rekomendacjami. Za wdrożenie rekomendacji w terminach określonych przez Instytucję Audytową odpowiedzialne są Instytucje Zarządzające poszczególnymi programami operacyjnymi.

Komitet Monitorujący
Monitorowanie programu operacyjnego służy zapewnieniu sprawnego zarządzania i realizacji NSS oraz poszczególnych programów operacyjnych. Jest ono prowadzone – na poziomie NSS przez instytucję koordynującą NSS oraz Komitet Koordynacyjny NSRO. 

Na poziomie programu operacyjnego monitorowanie prowadzone jest przez Instytucję Zarządzającą i Komitet Monitorujący pracujący pod przewodnictwem przedstawiciela Instytucji Zarządzającej. Komitet Monitorujący program operacyjny może podjąć decyzję o powołaniu podkomitetu monitorującego dla poszczególnych osi priorytetowych, któremu deleguje część swoich zadań związanych z prowadzeniem monitoringu w ramach danej osi  priorytetowej. Podkomitet monitorujący działa pod przewodnictwem Instytucji Pośredniczącej. Ponadto monitorowanie efektów wdrażania regionalnych programów operacyjnych prowadzone jest również przez Instytucję Koordynującą RPO.

Zobacz więcej nt. Komitetów Monitorujących i Komitetu Koordynacyjnego