W celu jak najbardziej efektywnego oraz zgodnego z prawem Unii Europejskiej wykorzystania pomocy dostępnej w ramach funduszy strukturalnych przygotowany został Program Operacyjny Pomoc Techniczna 2004-2006.

Założeniem Programu jest zapewnienie na poziomie krajowym wsparcia dla zarządzania, monitorowania, oceny i kontroli Podstaw Wsparcia Wspólnoty. Program ten ma charakter horyzontalny, dlatego jego priorytety i działania dotyczą kwestii istotnych dla całego systemu wdrażania i koncentrują się na usprawnieniu jego funkcjonowania i zapewnieniu spójności.

Program Operacyjny Pomoc Techniczna dostarcza środki i narzędzia dla zaspokojenia potrzeb Instytucji Zarządzającej i Instytucji Płatniczej, jako jednostek koordynujących zadania pozostałych ośrodków zaangażowanych we wdrażanie funduszy strukturalnych. Dodatkowo Program wspiera Urzędy Kontroli Skarbowej i Jednostki monitorująco-kontrolne wszystkich funduszy strukturalnych w wykonywaniu powierzonych im zadań. Celem Programu jest również zapewnienie bezproblemowej eksploatacji krajowego systemu informatycznego SIMIK, ciągły rozwój systemu, jego usprawnianie oraz podnoszenie zarówno jakości obsługi jak również usług świadczonych przez system jego użytkownikom.