Koszty kwalifikowane to koszty, których poniesienie jest merytorycznie uzasadnione oraz które spełniają kryteria zasadności wyznaczone przez Instytucje Zarządzającą.

Zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa warunkiem uznania wydatku jako kwalifikowany, jest spełnienie następujących kryteriów:

1. został on poniesiony w ramach projektu realizowanego z odpowiedniego funduszu strukturalnego;
2. jest niezbędny dla realizacji projektu;
3. jest racjonalny;
4. jest rzetelnie udokumentowany i możliwy do zweryfikowania;
5. jest spójny z obowiązującymi przepisami w szczególności z Ustawą Prawo Zamówień Publicznych.

Zasady kwalifikowania wydatków określa rozporządzenie nr 1685/2000/WE (rozporządzenie Komisji (WE) nr 1685 z dnia 28 lipca 2000r. ustanawiające szczegółowe zasady wykonania rozporządzenia (WE) nr 1260/1999 w odniesieniu do warunków, jakie muszą spełniać wydatki na działania współfinansowane z funduszy strukturalnych ( Dz. Urz. L 193 z dnia 29.07.2000r.) ) oraz rozporządzenie nr 448/2004 (rozporządzenie Komisji (WE) nr 448/2004 z dnia 10 marca 2004 r. zmieniające rozporządzenie (WE) nr 1685/2000 ustanawiające szczegółowe zasady wykonania rozporządzenia Rady (WE) nr 1260/1260/1999 w odniesieniu do warunków, jakie muszą spełniać wydatki na działanie współfinansowane z funduszy strukturalnych i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1145/2003).