Beneficjentem są instytucje oraz firmy publiczne i prywatne odpowiedzialne za zlecanie operacji. W ramach systemu wdrażania SPOT beneficjentem  są instytucje odpowiedzialne za zlecanie odbiorcy ostatecznemu (w drodze przetargu lub konkursu ) realizacji projektu inwestycyjnego lub wykonania usługi.
Beneficjentami w ramach SPOT mogą być:

• PKP Polskie Linie Kolejowe S.A., PKP Przewozy Regionalne Sp. z o.o., PKP Warszawska Kolej Dojazdowa Sp. z o.o., PKP S.A., przedsiębiorstwa kolejowe przewozów pasażerskich, przedsiębiorstwa i inne instytucje zajmujące się udostępnianiem taboru kolejowego,
• Generalna Dyrekcja Dróg Krajowych i Autostrad,
• Urząd Morski w Gdyni, Urząd Morski w Szczecinie,
• Zarząd Morskiego Portu Gdańsk S.A., Zarząd Morskiego Portu Gdynia S.A., Zarząd Morskich Portów Szczecin i Świnoujście S.A.,
• Morska Służba Poszukiwania i Ratownictwa (SAR) w Gdyni,
• miasta na prawach powiatu, w tym miasto Gdynia,
• Ministerstwo Rozwoju Regionalnego,
• Ministerstwo Transportu lub Ministerstwo Gospodarki Morskiej,
• podmioty gospodarcze współtworzące centra logistyczne i terminale transportu intermodalnego: Agencja Rozwoju Przemysłu S.A., PKP Cargo S.A., Centrala Zaopatrzenia Hutnictwa S.A. i inne,
• Policja, Państwowa Straż Pożarna, Instytut Badawczy Dróg i Mostów, Główny Inspektorat Transportu Drogowego i inne instytucje zajmujące się sprawami bezpieczeństwa ruchu drogowego,
• PKP Szybka Kolej Miejska w Trójmieście sp. z o.o.,
• samorządy wojewódzkie,
• inne instytucje, właściwe z punktu widzenia wdrażania działań w ramach SPOT.