Instytucją Zarządzającą SPOT jest minister właściwy do spraw rozwoju regionalnego (MRR). Do głównych zadań Instytucji Zarządzającej SPOT należy:

• ogólny nadzór nad procesem programowania, przygotowania i wyboru wniosków,
• przygotowanie, we współpracy z Instytucją Pośredniczącą Uzupełnienia Programu, przedkładanie go do akceptacji przez Komitet Monitorujący oraz przekazanie do Komisji Europejskiej,
• zapewnienie efektywnego i prawidłowego zarządzania i wdrażania SPOT, wypełniając przepis art. 34 rozporządzenia nr 1260/1999/WE,
• weryfikacja i przekazywanie wniosku o refundację do Instytucji Płatniczej, zgodnie z wszelkimi instrukcjami Instytucji Płatniczej,
• formalne kontakty z Komisją Europejską w zakresie realizacji SPOT,
• przewodniczenie Komitetowi Monitorującemu SPOT i prowadzenie jego Sekretariatu,
• dokonywanie oceny procedur stosowanych przez IPZ pod względem prawidłowości, skuteczności i zgodności z wymogami prawa,
• zapewnienie przygotowania i wdrożenia planu działań w zakresie informacji i promocji,
• zapewnienie dostępności wszelkiej dokumentacji powiązanej z wdrażaniem Programu Operacyjnego przynajmniej przez 3 lata po dokonaniu ostatniego transferu z Komisji Europejskiej,
• zapewnienie właściwej kwalifikacji unijnych środków pomocowych oraz odpowiedniego nimi zarządzania,
• wdrażanie systemu zarządzania i kontroli opartego na procedurach opisanych w art. 4 rozporządzenia nr 438/2001/WE z dnia 2 marca 2001 r. ustanawiającego szczegółowe zasady wykonania rozporządzenia Rady WE nr 1260/1999/WE dotyczącego zarządzenia i systemów kontroli pomocy udzielanej w ramach funduszy strukturalnych (Dz. Urz. WE L. 63 z 03.03.2001, z późn. zm., Polskie wydanie specjalne rozdz. 14, t. 1, str. 132), zwanego dalej „rozporządzeniem nr 438/2001/WE”.