Instytucja Zarządzająca ZPORR w ramach usprawnień systemowych uściśliła sposób rozliczania środków budżetowych, które odbywa się na przełomie roku w odniesieniu do Priorytetu 2 ZPORR.  Rozliczeniu podlega kwota globalna niewydatkowana przez wszystkich ostatecznych odbiorców (beneficjentów) w ramach Działania, bez konieczności zwrotu środków przez ostatecznych odbiorców (beneficjentów). 

Beneficjent Końcowy (Instytucja Wdrażająca) rozliczając wydatkowanie środków w końcu roku budżetowego, na podstawie informacji uzyskanej od ostatecznych odbiorców (beneficjentów) dokonuje porównania globalnej kwoty przekazanej ostatecznym odbiorcom (beneficjentom) z globalną kwotą niewykorzystanych środków w ramach Działania.

Wydatkowane środki w pierwszym rzędzie zaliczane są do  budżetu państwa :

• Jeżeli globalna kwota wydatkowana przez wszystkich ostatecznych odbiorców (beneficjenów) w ramach Działania wynosi co najmniej 25% globalnej kwoty im przekazanej, to nie ma konieczności zwrotu środków do budżetu państwa.
  
• Jeżeli wszyscy ostateczni odbiorcy (beneficjenci) w ramach Działania wydatkowali mniej niż 25% globalnej kwoty wcześniej im przekazanej, to różnica pomiędzy wydatkowaną kwotą a 25% globalnej kwoty im przekazanej powinna być zwrócona do budżetu państwa. W ten sposób obliczona przez Beneficjenta Końcowego (Instytucję Wdrażającą) kwota jest przez nią zwracana, bez konieczności zwracania przez poszczególnych ostatecznych odbiorców (beneficjentów).

W następnym roku budżetowym Beneficjent Końcowy (Instytucja Wdrażająca) otrzyma zwrot z budżetu państwa (ze środków niewygasających, jeżeli zostały zgłoszone i ujęte w rozporządzeniu w sprawie wydatków budżetu państwa, które nie wygasają z upływem roku budżetowego), bądź zawnioskuje do rezerwy celowej o współfinansowanie z uwzględnieniem zwróconych środków, jako niewykorzystanych w roku ubiegłym.