Dnia 20 listopada 2006 r. została zatwierdzona zaktualizowana wersja Wytycznych do Przygotowania Raportu Końcowego Projektu Funduszu Spójności. Dokument wszedł w życie 28 listopada 2006 r.

Zmiany wprowadzone do wytycznych obejmują:

• określenie 60 – dniowego terminu na przekazanie wniosku i raportu do IPZ, po wcześniejszym ich otrzymaniu od POZR,
  
  
• w przypadku zakupu gruntów w sektorze środowiska nowy zapis umożliwiający ostateczną weryfikację wielkości zakupionego gruntu oraz jego ceny,
  
  
• doprecyzowanie informacji o kontrolach wyrywkowych, wynikającej z Rozporządzenia Komisji (WE) nr 1386/2002 z 29 lipca 2002 r.

Wytyczne do Przygotowania Raportu Końcowego Projektu Funduszu Spójności są dostępne w serwisie internetowym Funduszu Spójności w Polsce w dziale Dokumenty - Wytyczne .